Был женат на Эльвире Игоревне Данилиной (род. 29 сентября 1965), уроженке Саратова, актрисе, выпускнице Саратовского театрального училища, артистке Саратовского государственного академического театра драмы. Брак продлился недолго, детей у них не было.
Сергей Пускепалис с женой Еленой.
Второй супругой в 1991-м стала Елена, гидрогеолог по профессии. В 1993-м родился Глеб. Пускепалис остается семейным человеком. С длительных киноэкспедиций и разъездов он стремится скорее попасть домой в Железноводск, к любимым жене и сыну.
С сыном Глебом.
Глеб пошел по стопам отца и получил образование в Российской академии театрального искусства, у Сергея Женовача. Сейчас молодой человек играет в московской «Студии театрального искусства», снялся у Алексея Попогребского в «Коктебеле» в главной роли. Фильм удостоен специального приза жюри "Серебряный Георгий", награды ФИПРЕССИ и российской критики за дебют на XXV Московском кинофестивале, "Золотой лилии" на Международном фестивале "GoEast" в Висбадене. Кроме этого, в фильмографии Пускепалиса-младшего – картины «Елки-5», «Инквизитор», «Операция “Мухаббат”», где он снялся вместе с отцом.
Сергей поступил на курс Петра Фоменко в РАТИ. Выпустился из РАТИ в 2001 году и сразу же поставил пьесу «Двадцать семь» драматурга Алексея Слаповского. Пьеса была принята прекрасно и участвовала в фестивале «Балтийский дом». После этого Алексей Слаповский и Сергей Пускепалис стали постоянными соавторами. Для «Пятого театра» в Омске Сергей Пускепалис поставил пьесу «От красной крысы до зеленой звезды». Также Сергей работал в Самарском театре «Понедельник», где с 2000 по 2002 год им было поставлено три спектакля, два из которых по пьесам Алексея Слаповского («Уезжаю» и «Тихий ангел»).
Сергей Пускепалис в театре.
В 2003 году Пускепалис стал главным режиссером Магнитогорского театра драмы имени А. С. Пушкина. С 2007 года — режиссёр-постановщик Московского театра-студии под руководством Олега Табакова.
С 2009 года по 2010 год Сергей Пускепалис работал главным режиссером Российского государственного академического театра драмы имени Федора Волкова в Ярославле. Его приглашают для работы во все известные театры страны. Также Сергей занимался педагогической деятельностью, преподавая курс на театральном факультете в консерватории Магнитогорска.
в 2003 году он начал сниматься в кино. Первые роли были эпизодическими. Но начал Сергей путь в мир кино с картины, ставшей культовой – «Прогулки» Алексея Учителя, где он сыграл в эпизоде участника аварии.
На съемках своего сына Глеба Сергей познакомился с Алексеем Попогребским. Режиссер пригласил Пускепалиса старшего сниматься в свой фильм «Простые вещи», предложив главную роль анестезиолога Маслова. Фильм получил Гран-при «Кинотавра» в 2007 году, а Сергей был удостоен приза за лучшую мужскую роль.
Сергей Пускепалис в фильме "Как я провёл этим летом".
В 2008 и в 2009 году Пускепалис снова работал с Алексеем Попогребским над картиной «Как я провел этим летом». Мировая прьемьера фильма состоялась на Берлинском кинофестивале в 2010 году, а в России фильм впервые показали в Ростове-на-Дону. Актеры Георгий Добрыгин и Сергей Пускепалис были награждены призом Берлинского кинофестиваля «Серебряный медведь» в номинации «Лучшая мужская роль». Также был награжден «Серебряным медведем» Павел Костомаров, оператор картины – «За выдающийся вклад в искусство».
Сергей Пускепалис в фильме "Метро".
Знаковой работой актера стал фильм-катастрофа «Метро», снятый по одноименному роману Дмитрия Сафонова. В ленте Пускепалис сыграл супруга героини Светланы Ходченковой. За роль Андрея Гарина, попавшего в ловушку в метро с дочерью, Пускепалис номинирован на премию «Золотой орел» за лучшую мужскую роль.
Сергей Пускепалис в фильме "Жизнь и судьба".
В 2012 году выходит сериал «Жизнь и судьба», сюжет которого разворачивается в разгар Великой Отечественной войны. В фильме Сергей сыграл с такими признанными актерами, как Сергей Маковецкий и Александр Балуев. Запоминающейся стала роль актера в проекте «И не было лучше брата» (2011). В картине сложился замечательный дуэт Пускепалиса и Евгения Цыганова. Поклонники детективного сериала «Крик совы» назвали Сергея лучшим участником проекта. В фильме он исполнил роль капитана госбезопасности, разоблачающего шпионскую сеть в советской глубинке.
Сергей Пускепалис и Равшана Куркова в сериале "А у нас во дворе".
В 2016-м Сергей снялся в получившей широкую известность картине «Ледокол». В ней он сыграл капитана ледохода «Михаил Громов». Год спустя на Первом канале вышел ироничный детектив «А у нас во дворе», в котором Пускепалис и Равшана Куркова исполнили роли полицейского в отставке и дворника.
Сергей Пускепалис в сериале "Частица Вселенной".
В продюсерском проекте Валерия Тодоровского «Частица Вселенной» актер получил роль командира экипажа международной космической станции. И без того непростая работа усложняется тем, что жена одного космонавта крутит роман со вторым. Для большей достоверности передачи действий на экране артисты прошли подготовку в Звездном городке и консультировались со специалистами Центра управления полетами.
В конце 2018-го состоялась премьера фильма «Желтый глаз тигра», где Сергей исполнил роль отца персонажа Павла Прилучного.
Сергей Пускепалис в фильме "Золотая Орда".
В исторической ленте «Золотая Орда» в образе воеводы Еремея Сергей Пускепалис составил актерский ансамбль с Александром Устюговым и Юлией Пересильд.
11 марта 2019 на Первом канале прошла премьера сериала «Шифр», в одной из главных ролей которого снялся Сергей Пускепалис.
Сергей Пускепалис в фильме "Шифр".
Действие разворачивается в Москве 1956 года и рассказывает историю четырёх женщин, которых связывает военное прошлое: работа в спецотделе ГРУ. Они сходятся вновь, чтобы вести расследования и помогать следственным органам в особо запутанных делах. Обладая феноменальными аналитическими способностями, Ирина, Анна, Софья и Катерина, рискуя собой, а также благополучием собственных семей, ловят преступников, которые угрожают жизни простых людей и всей стране в целом.
Сергей Пускепалис.
Семья актера и режиссера живет в Железноводске.
У Сергея Пускепалиса немало работы в Москве, где у него есть квартира и открытый им ресторан, но насовсем переезжать в столицу актер категорически отказывается. Оправдание этому – мнение, что в мегаполисе слишком много суеты и напряженности.